腸内フローラとは？腸内細菌の働き・多様性・食生活との関係を徹底解説

「腸内フローラ」という言葉を聞いたことがある方は多いのではないでしょうか。

ヨーグルトや発酵食品、食物繊維、プロバイオティクスなどと一緒に紹介されることも多く、近年では「腸活」という言葉も広く使われるようになりました。

しかし、腸内フローラについて調べてみると、

「善玉菌を増やせばいい」
「悪玉菌を減らせばいい」
「理想的な菌の割合がある」

といった説明を目にすることがあります。

腸内細菌を理解する入口としては分かりやすい考え方ですが、現在の腸内細菌研究では、腸内フローラはそれほど単純な仕組みではないことも分かってきています。

人の腸内には非常に多くの微生物が存在し、その構成は一人ひとり異なります。さらに、食生活や年齢、生活環境などさまざまな要因とも関係しています。

そのため、現在では特定の菌だけを見るのではなく、腸内に存在する微生物全体の構成、多様性、働き、そして人体との相互作用を含めて研究されています。

この記事では、腸内フローラとは何かという基本から、腸内細菌の働きや多様性、食事との関係、プロバイオティクスやプレバイオティクス、さらに腸内フローラ検査について知っておきたいことまで、現在の考え方をもとに詳しく解説します。

腸内フローラとは？

私たちの消化管には、非常に多くの微生物が存在しています。

特に大腸には多種多様な細菌が生息しており、それらがまとまってつくる集団は腸内細菌叢と呼ばれます。

腸内細菌が種類ごとに集まりながら存在する様子を、植物が群生する「フローラ（flora）」になぞらえたことから、一般には腸内フローラという呼び方が広く使われています。

腸内細菌叢と腸内フローラはほぼ同じ意味

日本語では、

• 腸内フローラ
• 腸内細菌叢
• 腸内菌叢

といった言葉が使われます。

日常的な健康情報では「腸内フローラ」、医学や研究の分野では「腸内細菌叢」という言葉を目にすることが多いでしょう。

「マイクロバイオータ」と「マイクロバイオーム」

近年は、英語のgut microbiota（腸内マイクロバイオータ）やgut microbiome（腸内マイクロバイオーム）という言葉もよく使われています。

一般に「microbiota」は、ある環境に存在する微生物そのものの集団を指します。

一方、「microbiome」は、微生物の集団に加え、それらが持つ遺伝情報や機能などを含む、より広い概念として使われることがあります。

ただし、研究分野によって用語の使い方には多少の違いがあります。

この記事では、一般的に親しまれている「腸内フローラ」という言葉を中心に使用します。

腸内にはどんな微生物がいる？

「腸内フローラ」というと、細菌を思い浮かべる方が多いでしょう。

実際、腸内細菌は腸内微生物研究の中心的な存在ですが、人の消化管には細菌だけが存在しているわけではありません。

腸管内では、

• 細菌
• 古細菌
• 真菌
• ウイルス

など、さまざまな微生物が存在し、複雑な生態系をつくっています。

「善玉菌・悪玉菌」だけでは説明できない

腸内細菌については、一般的に「善玉菌・悪玉菌・日和見菌」という分類が広く使われてきました。

腸内細菌を分かりやすく理解するためには便利な表現ですが、現在の微生物研究では、腸内に存在する微生物をすべてこの3種類だけに分けて考えることは難しいとされています。

同じ種類の微生物でも、周囲に存在する他の微生物や食事、腸内環境などによって働きが異なる場合があります。

そのため現在は、腸内フローラをさまざまな微生物が互いに関係しながら存在する複雑な生態系として捉える考え方が重視されています。

人によって腸内細菌の構成は異なる

腸内フローラには大きな個人差があり、食文化、年齢、生活環境などによっても構成に違いがみられます。

つまり、腸内フローラは誰もがまったく同じ状態ではなく、一人ひとり異なる特徴を持っています。

腸内細菌は何をしている？

腸内細菌は、単に腸の中に存在しているだけではありません。

私たちが食べたものの一部を利用しながら、さまざまな物質をつくり出しています。

こうした腸内細菌の代謝や人体との相互作用は、現在の腸内フローラ研究で特に注目されている分野です。

食事由来成分を利用する

私たちが食べた食品のすべてが、小腸までに完全に消化・吸収されるわけではありません。

人の消化酵素では分解されにくい食物繊維などの一部は大腸まで届き、腸内細菌によって利用されます。

この過程で、腸内細菌はさまざまな代謝産物をつくります。

短鎖脂肪酸などの代謝産物

腸内細菌が食物由来の成分を発酵すると、短鎖脂肪酸と呼ばれる物質がつくられることがあります。

代表的なものには、

• 酢酸
• プロピオン酸
• 酪酸

などがあります。

短鎖脂肪酸は、腸内細菌と人体との関係を研究するうえで重要な代謝産物の一つで、腸管を含むさまざまな生理機能との関係について研究されています。

胆汁酸やビタミンなどとの関係

腸内細菌は、胆汁酸の代謝などにも関わっています。

また、一部の腸内細菌はビタミン類などの代謝にも関与することが知られており、腸内微生物がつくり出すさまざまな物質について研究が進められています。

人体との相互作用

腸管は、食べ物や微生物など外部由来のものと人体が接する大きな境界の一つです。

そのため、腸内微生物と腸管の細胞、免疫系などとの相互作用についても多くの研究が行われています。

腸内細菌と人体の関係は非常に複雑であり、特定の菌だけから健康状態を判断できるものではありません。現在も、腸管や免疫系を含む人体との相互作用について研究が続けられています。

「良い腸内フローラ」とは？

腸内フローラについて考えるとき、多くの方が気になるのが、

「自分の腸内フローラは良い状態なのか？」

ということでしょう。

しかし、現在の研究では、すべての人に共通する「理想的な腸内細菌の構成」が一つに決まっているわけではありません。

「善玉菌○％」という固定した正解はない

健康情報の中では、

「善玉菌○％、悪玉菌○％、日和見菌○％が理想」

といった数字を目にすることがあります。

しかし、人の腸内フローラには大きな個人差があり、研究方法によって検出される微生物や分類方法も異なります。

そのため、特定の割合だけを使って、すべての人の腸内フローラを「良い・悪い」と判断することは難しいと考えられています。

多様性も研究されているポイント

腸内フローラを評価する指標の一つとして研究されているのが多様性です。

多様性とは、単純に菌の数が多いという意味だけではなく、どのような種類の微生物が、どの程度存在しているかという構成の豊かさなどを表します。

多くの研究で腸内細菌の多様性と健康状態との関連が調べられていますが、単純に「多様性が高ければ必ず健康」と言い切れるものでもありません。

菌の種類だけでなく「何をしているか」も重要

近年の腸内フローラ研究では、どの菌が存在するかだけでなく、

• どのような遺伝子を持っているのか
• どのような物質をつくっているのか
• 他の微生物とどのように関わっているのか
• 食事などの変化にどのように反応するのか

といった機能にも注目が集まっています。

つまり、「この菌があるから良い」という一つの答えだけで考えるのではなく、腸内微生物全体を一つの生態系として理解することが重要になっています。

腸内フローラは何によって変わる？

腸内フローラは、生涯まったく同じ状態で固定されているわけではありません。

食事や年齢、生活環境など、さまざまな要因と関わりながらその構成は変化します。

食生活

腸内フローラと特に深く研究されている要因の一つが食事です。

腸内細菌は私たちが食べたものの一部を利用しているため、日々の食事内容と腸内微生物の構成や代謝との関係について、多くの研究が行われています。

食物繊維を含む植物性食品をはじめ、脂質、タンパク質、発酵食品など、さまざまな食事要因が研究対象となっています。

年齢

腸内フローラは年齢によっても変化します。

乳幼児期には腸内微生物の構成が大きく変化し、その後、成長とともに比較的安定した腸内フローラが形成されていきます。

成人期以降も、食事や生活環境、健康状態などさまざまな要因とともに変化する可能性があります。

生活する地域や環境

国や地域によって、食文化や生活環境は大きく異なります。

そのため、住んでいる地域や食習慣などによっても、腸内フローラには違いがみられます。

薬剤、とくに抗菌薬

薬剤も、腸内フローラへ影響を与える要因の一つです。

特に抗菌薬は細菌へ作用する医薬品であるため、治療対象となる細菌だけではなく、腸内に存在する他の細菌の構成にも影響する場合があります。

ただし、必要な抗菌薬を腸内フローラへの影響だけを理由に、自己判断で中止するべきではありません。

抗菌薬を含む医薬品は、医師や薬剤師の指示に従って適切に使用することが大切です。

一つの原因だけで決まるわけではない

腸内フローラは、食事だけ、年齢だけといった一つの要因によって決まるものではありません。

遺伝的背景、食事、生活環境、薬剤、年齢など、多くの要因が関係しながら、その人それぞれの腸内フローラが形成されています。

そのため、「この食品を食べれば理想の腸内フローラになる」という単純な考え方ではなく、毎日の食生活や生活習慣を全体として考えることが大切です。

食生活と腸内フローラの関係

腸内フローラと日々の生活の中で特に関係が深い要素の一つが食事です。

私たちが食べたものの一部は大腸まで届き、腸内細菌によって利用されます。そのため、何をどのように食べているかは、腸内微生物の構成や代謝との関係について広く研究されています。

ただし、「この食品を食べれば理想的な腸内フローラになる」という単純なものではありません。

同じ食品を食べても腸内細菌の反応には個人差があり、普段の食事全体、もともとの腸内フローラ、生活環境などさまざまな要因が関係します。

食物繊維と腸内細菌

食事と腸内フローラを考えるうえで、特によく研究されている栄養成分の一つが食物繊維です。

食物繊維には、人の消化酵素では消化されにくく、大腸まで届くものがあります。

その一部は腸内細菌によって利用され、発酵の過程で短鎖脂肪酸などの代謝産物がつくられます。

食物繊維は、

• 野菜
• 果物
• 豆類
• 全粒穀物
• いも類
• きのこ類
• 海藻類
• ナッツや種子類

など、さまざまな食品に含まれています。

一つの食品だけに偏るよりも、さまざまな食品を組み合わせることで、食物繊維だけでなく幅広い栄養素を摂ることにもつながります。

食物繊維はどのくらい摂ればいい？

世界保健機関（WHO）は、成人について、食品に自然に含まれる食物繊維を1日少なくとも25g摂ることを推奨しています。

ただし、食物繊維を急に大量に増やすと、人によってはお腹の張りなどを感じることがあります。

現在の食生活で少ないと感じる場合には、野菜や豆類、果物、全粒穀物などを少しずつ取り入れていく方法もあります。

「植物性食品の種類」にも注目

腸内フローラ研究では、食物繊維の量だけでなく、食事の多様性についても研究されています。

野菜、果物、豆類、穀物、ナッツや種子類など、さまざまな食品を組み合わせることで、腸内細菌へ届く食事由来成分の種類も多様になります。

腸内フローラのためだけに特別な食品を探すのではなく、まずは普段の食事を幅広く組み立てることが基本です。

発酵食品と腸内フローラ

腸活というと、ヨーグルトや納豆、キムチ、味噌などの発酵食品を思い浮かべる方も多いでしょう。

発酵食品とは、微生物の働きや酵素による変化を利用してつくられた食品です。

人は古くから、保存性や風味、食感などを変化させるために発酵を利用してきました。

発酵食品＝プロバイオティクスではない

ここで知っておきたいのが、発酵食品とプロバイオティクスは同じ意味ではないということです。

発酵食品は微生物を利用してつくられますが、完成した食品に生きた微生物が残っていない場合もあります。

また、生きた微生物が含まれていても、そのすべてが科学的な定義上の「プロバイオティクス」に該当するわけではありません。

例えば、加熱処理された発酵食品では、製造に使われた微生物が摂取時には生きていない場合があります。

一方で、ヨーグルトなどの一部の発酵食品には、生きた微生物が含まれている製品もあります。

発酵食品と腸内細菌についても研究が行われている

発酵食品と腸内フローラとの関係については、現在も研究が進められています。

健康な成人を対象とした食事介入研究では、発酵食品を多く摂る食事と腸内細菌の多様性との関係を調べた報告などもあります。

ただし、発酵食品には非常に多くの種類があり、使われる微生物や製造方法、含まれる成分も異なります。

そのため、「発酵食品ならどれでも同じように作用する」と考えるのではなく、日々の食事を構成する食品の一つとして取り入れるとよいでしょう。

プロバイオティクス・プレバイオティクス・シンバイオティクスとは？

腸内フローラについて調べると、

• プロバイオティクス
• プレバイオティクス
• シンバイオティクス

という言葉を目にすることがあります。

名前が似ていますが、それぞれ意味は異なります。

プロバイオティクスとは？

科学分野では、プロバイオティクスは適切な量を摂取したときに宿主へ健康上の利益をもたらす生きた微生物と定義されています。

乳酸菌やビフィズス菌などがよく知られていますが、「乳酸菌であればすべてプロバイオティクス」という意味ではありません。

プロバイオティクスについて研究結果を見る際には、菌の種類だけでなく菌株まで重要になります。

同じ種類の菌でも菌株が違えば性質が異なることがあるため、ある特定の菌株で行われた研究結果を、すべての乳酸菌やビフィズス菌へそのまま当てはめることはできません。

プレバイオティクスとは？

科学分野では、プレバイオティクスは、宿主の微生物によって選択的に利用され、健康上の利益をもたらす基質と定義されています。

一般には、特定の食物繊維やオリゴ糖などがプレバイオティクスとして研究されています。

ただし、食物繊維＝すべてプレバイオティクスではありません。

食物繊維は栄養学上の広い分類であり、プレバイオティクスと呼ぶためには、対象となる微生物によって選択的に利用されることなど一定の条件があります。

シンバイオティクスとは？

シンバイオティクスは、生きた微生物と、宿主の微生物によって選択的に利用される基質を組み合わせたものです。

一般にはプロバイオティクスとプレバイオティクスを組み合わせる考え方として知られていますが、現在では科学的な定義もより詳しく整理されています。

「菌数が多いほど良い」とは限らない

プロバイオティクス製品では、含まれる菌数が表示されていることがあります。

しかし、数字だけを見て「菌数が多ければ多いほど良い」と単純に判断できるものではありません。

研究では、どの菌株を、どの程度の量で、どのような条件で使用したかなどが重要になります。

そのため、プロバイオティクスという言葉そのものを、すべての製品に共通する一つの働きを表す言葉として考えないことが大切です。

腸内フローラ検査で何が分かる？

近年では、便を採取して送ることで、自分の腸内細菌について分析する一般消費者向けの腸内フローラ検査も増えています。

「自分にはどんな腸内細菌がいるのだろう？」と興味を持つきっかけとして、こうしたサービスを利用する方もいるでしょう。

便から腸内細菌の構成を調べる

市販されている腸内フローラ検査の多くは、採取した便に含まれる微生物由来の遺伝情報などを分析し、検出された細菌の種類や割合などをレポートします。

分析方法にはいくつかの種類があり、検査会社によって使用する技術やデータベース、結果の表示方法なども異なります。

検査結果だけで健康状態を診断できるわけではない

現在のところ、一般消費者向け腸内フローラ検査の結果だけから、病気の有無や将来の健康状態を診断することはできません。

また、特定の菌の割合だけを見て、「健康」「不健康」と判断することも難しいと考えられています。

腸内マイクロバイオーム検査は将来性のある分野ですが、一般的な臨床利用については、現在も研究や検証が続けられています。

検査サービスによって結果が異なる可能性も

一般消費者向けの複数の腸内マイクロバイオーム検査サービスを比較した研究では、同じ基準試料を分析しても、サービスによって検出される微生物や結果の報告に違いがみられた例があります。

分析方法や使用するデータベース、データ処理方法などの違いが、結果に影響する可能性があります。

そのため、検査結果を見る場合には、一つの数値を絶対的な健康判定として捉えるのではなく、自分の腸内細菌について知るための参考情報の一つとして考えるとよいでしょう。

腸内フローラを意識した毎日の食生活

ここまで見てきたように、腸内フローラは非常に複雑です。

「特定の菌を増やす食品を一つ食べればよい」「特定のサプリメントだけを摂ればよい」という単純なものではありません。

日常生活で意識しやすいのは、まず毎日の食事全体を見直すことです。

さまざまな食品を食べる

野菜、果物、豆類、穀物、いも類、きのこ類、海藻類、ナッツや種子類など、さまざまな食品を食生活に取り入れてみましょう。

毎日完璧な食事を目指す必要はありません。

昨日とは違う野菜を選ぶ、精製度の低い穀物を取り入れる、豆類を一品加えるなど、小さな工夫を積み重ねることもできます。

食物繊維を含む食品を意識する

食物繊維は、腸内細菌との関係が長く研究されている食事成分です。

特定のサプリメントだけで補うことを最初に考えるのではなく、まずは普段の食事の中で食物繊維を含む食品を増やせないか考えてみるとよいでしょう。

発酵食品も食事の選択肢の一つ

ヨーグルト、納豆、味噌、キムチなどの発酵食品を普段から食べている方も多いでしょう。

発酵食品はプロバイオティクスと完全に同じものではありませんが、さまざまな食文化の中で長く利用されてきた食品です。

自分の好みや体調に合わせながら、食事の選択肢の一つとして取り入れることができます。

「腸活」を頑張りすぎない

腸内フローラへの関心が高まるにつれて、「これを毎日食べなければならない」「この菌を増やさなければならない」と考えてしまうこともあります。

しかし、健康な腸内フローラに、すべての人へ共通する一つの正解が決まっているわけではありません。

食事を極端に制限したり、一つの食品だけを大量に摂ったりするのではなく、無理なく続けられるバランスのよい食生活を基本に考えましょう。

お腹の症状が続くときは「腸内フローラのせい」と決めつけない

便秘、下痢、腹痛、お腹の張りなどの症状には、さまざまな原因があります。

「腸内フローラが乱れているからだ」と自己判断して食品や健康食品だけで対応し続けるのではなく、症状が長く続く場合や強い場合には医療機関へ相談することが大切です。

まとめ｜腸内フローラは一人ひとり異なる複雑な生態系

腸内フローラは、腸管に存在する多様な微生物によって形成される複雑な生態系です。腸内細菌は食事由来成分の代謝などに関わり、短鎖脂肪酸をはじめとするさまざまな代謝産物をつくっています。

一方で、すべての人に共通する「理想の菌構成」が確立されているわけではなく、菌の種類だけでなく、多様性や機能、食事や生活環境との関係など、現在も幅広い研究が続けられています。

特定の菌や食品だけに注目するのではなく、腸内フローラは一人ひとり異なるということを知ったうえで、日々の食生活を幅広く捉えることが大切です。